... une exploitation durable de la force hydraulique prend en compte les éléments suivants:

• Un débit résiduel optimal servant de base à l’habitat au sein du tronçon court-circuité
• La migration libre des poissons, vers l’amont et l’aval
• Pas de nécessité de charriage (le lit des cours d’eau n'a pas à être curé)
• Le maintien de la dynamique naturelle d’écoulement: réduction maximale de l’effet d’éclusée (aussi appelé marnage)
• Le respect du paysage: les installations se font aussi discrètes que possible

Les petites centrales hydrauliques actuelles respectent chacun de ces éléments.

Lors d’une rénovation, d'un agrandissement, d’une réactivation ou d’une nouvelle installation, les obligations en matière de protection de la nature doivent être intégralement prises en compte.Les modernisations conduisent donc toujours à une revalorisation écologique des cours d’eau.

Les scientifiques de l’Eawag, l'Institut fédéral suisse des sciences et technologies de l'eau, ont développé le standard « greenhydro ». Le label « naturemade » s’appuie sur ce dernier et garantit des installations existantes. Les installations construites après 2001 peuvent être certifiées uniquement dans le cas où la situation écologique du cours d’eau n'est pas modifiée.

Même si la certification a un coût, de très petites installations – comme le moulin Wespi-Mühle (Winterthour, ZH) – figurent sur la liste des installations certifiées.

Un exepmple parlant: les coûts de la renaturation d’un tronçon inexploité de 2,8 km de la Wyssemme (LU) sont estimés à 8 millions de francs et financés par les contribuables.

Située à proximité, la petite centrale hydraulique de Waldemme (LU), mise en service en 2023, a permis de renaturer un tronçon de la Waldemme d'environ 2 km. Le coût total de 12,4 millions de francs a été pris en charge par l’investisseur. La centrale produit plus de 6 millions de kilowattheures d’électricité par an.

Les nouvelles petites centrales hydroélectriques améliorent également l’état écologique d’un cours d’eau en le valorisant sur ce plan.

La méthodologie «Écomorphologie –niveau R», qui peut être consultée directement sur la carte du pays, indique le niveau d’atteinte à un cours d’eau naturel. 

La loi contraint les détenteurs de centrales hydrauliques à empêcher toutes les variations subites et artificielles du débit d’un cours d’eau (éclusées) qui portent gravement atteinte à la faune et à la flore indigènes et à leurs biotopes.

Les éclusées sont nuisibles lorsque le débit d’éclusée d’un cours d’eau est au moins 1,5 fois supérieur à son débit plancher et que la taille, la composition et la diversité des biocénoses végétales et animales typiques de la station sont altérées. Les installations existantes provoquant des éclusées doivent être assainies d’ici au 31 décembre 2030. L’Office fédéral de l’environnement (OFEV) a publié le document d’aide à l’exécution «Éclusées – Mesures d’assainissement» en 2017. Les propriétaires de petites installations d’eau doivent vérifier si les indicateurs suivants se situent dans la partie verte:

• Échouages de poissons
• Frayères
• Habitabilité pour les poissons
• Habitabilité pour le macrozoobenthos
• Température de l’eau 

En fonction des indicateurs, diverses mesures sont prises sur la base de différents scénarios.